Является территориальным органом Федерального агентства водных ресурсов межрегионального уровня, осуществляющим функции по оказанию государственных услуг и управлению федеральным имуществом в сфере водных ресурсов, возложенные на Федеральное агентство водных ресурсов, в пределах бассейнов водных объектов Балтийского и Белого морей и в пределах бассейнов рек, впадающих в Балтийское и Белое моря.